현저히 낮은 스프레드

그림 2: 현저히 낮거나 더 높은 풍부 단백질의 PANTHER(A, B) 및 스트링(C, D)에 의해 확인된 현저하게 dysregulated 적중된 적중의 대표적인 평가. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.

현저히 낮은 스프레드

2012.04.09 15:59 by 편집부 [email protected]

TI 코리아 (대표이사 켄트 전, www.ti.com/ww/kr) 2012년 4월 9일 –TI는 입력 전압이 출력 전압 수준보다 현저히 낮아질 경우에도 안정적인 연속 출력 전압을 보장하는 오토모티브 애플리케이션용 듀얼 출력 전원 공급 장치를 발표했다. 많은 신차 모델에서 스타트/스톱 기능이 연료 효율을 증대시키고 있지만, 엔진 재시동 시 공급 전압을 현저히 낮아지게 하는 원인이 되고 있다. TPS43330-Q1 제품군은 이와 같은 전압 강하 시에도 완벽하게 기능을 유지하여 애플리케이션이 중단 또는 성능 저하 없이 지속적으로 동작하도록 보장한다. 디바이스의 초저 영입력전류 특성으로 인해 독립적인 대기 전압 공급을 사용할 필요가 없기 때문에 시스템 비용과 복잡성을 낮출 수 있다. (보다 자세한 정보는 www.ti.com/tps43330-q1-pr 참조)

TPS43330-Q1 제품군의 주요 기능 및 장점
• 2V ~ 4V까지의 넓은 입력 전압 범위와 최대 60V까지의 과도전압 특성은 심지어 심각한 배터리 전압 조건에서도 연속 동작 보장
• 최소 35µA의 초저 영입력전류와 상대적으로 낮은 5µA의 셧다운 전류 특성은 대기 동작 시 배터리로부터 전체 애플리케이션 전력 소모를 감소시켜 배터리 수명 연장 및 대기 전압 레귤레이터에 대한 요구 제거
• 스프레드 스펙트럼 주파수 모듈레이션 방식을 사용하여 전도성 전자파 장애를 감소시키고 보다 간편하고 저가의 필터 사용 가능
• 공급 레일 모두에 대해 개별 사용 및 전력 굿 신호를 제공하기 때문에 고객들에게 특정 애플리케이션 요구에 기반한 유연한 전력 시퀀싱 지원
• 다수의 전압 레일과 전압 수퍼바이저를 통합하여 디스크리트 솔루션 대비 보드 공간, 설계 복잡성, 시스템 비용 등 절감
• 전용 하이사이드 FET 드라이버는 외부 PMOS FET를 통해 외부 역배터리 보호 다이오드를 바이패싱 함으로써 전체 효율 향상

툴 및 지원
TI는 파워 스테이지 디자이너 (Power Stage Designer), PMP7001.1 및 PMP7031용 오토모티브 전력 레퍼런스 디자인 등과 함께 설계를 가속화시킬 수 있는 다양한 툴과 지원을 제공하고 현저히 낮은 스프레드 있다. TPS43332-Q1, TPS43335-Q1, TPS43336-Q1 디바이스를 위한 평가 모듈 역시 제공되고 있다.

TI는 TPS43330-Q1 DC/DC 컨트롤러뿐만 아니라 TPS57160-Q1과 같은 스텝-다운 컨버터 또는 TPS65023-Q1과 같은 PIMC 등을 포함해 차량용 애플리케이션을 위한 방대한 전원 관리 IC 포트폴리오를 제공하고 있다. LM25118Q 벅-부스트 컨트롤러와 TPIC74101-Q1 벅-부스트 컨버터는 현저히 낮은 스프레드 넓은 공급 전압 범위에 대해 안정적인 출력 전압을 유지할 수 있도록 지원한다.

공급 시기, 패키징 및 가격
TPS43330-Q1 및 TPS43332-Q1의 샘플은 현재 HTSSOP-38(DAP) 패키지로, 1,000개 수량 기준으로 개당 2.85달러 ~ 3.1달러에 제공되고 있다.

프로테오믹스 시설 제출 및 후속 데이터 분석을 위한 TMT 샘플 준비

단백질 추출, 정량화, 강수량, 소화, 라벨링, 프로테오믹스 시설에 대한 제출, 데이터 분석 등 각 단계에 대한 자세한 정보를 포함하는 최적화된 탠덤 질량 태그(TMT) 라벨링 프로토콜을 제시합니다.

Abstract

프로테오믹 기술은 질병, 치료 또는 프로테오메에 대한 다른 조건이 전체적으로 미치는 영향에 대한 세계적인 견해를 제공함으로써 생물학적 시스템에서 의 작용 메커니즘에 대한 우리의 이해를 도울 수 있는 강력한 방법론입니다. 이 보고서는 단백질 샘플의 추출, 정량화, 침전, 소화, 라벨링 및 후속 데이터 분석을 위한 상세한 프로토콜을 제공합니다. 당사의 최적화된 TMT 라벨링 프로토콜은 낮은 태그 라벨 농도를 필요로 하며 일관되게 신뢰할 수 있는 데이터를 달성합니다. 우리는 시험관내에서 배양된 세포뿐만 아니라 다양한 마우스 조직(즉, 심장, 골격근 및 뇌)에서 단백질 발현 프로파일을 평가하기 위해 이 프로토콜을 사용했습니다. 또한 결과 데이터 집합에서 수천 개의 단백질을 평가하는 방법을 설명합니다.

Introduction

용어 "프로테오믹스"는 먼저 세포, 조직, 또는 유기체 1의 전체 단백질 보체의 대규모 특성화로 정의되었다. 프로테오믹 분석은 단백질 발현 수준의 상대적 정량을 수행하는 기술을 사용하여 질병 발달, 치료 경로 및 건강한 시스템에 관련된 메커니즘 및 세포 프로세스의 조사를 가능하게 합니다 2. 이러한 현저히 낮은 스프레드 연구의 초기 설명은 1975년에 발표되었으며, 이러한 목적을 위해 2차원 폴리아크릴아미드 겔 전기영동(2D-PAGE)의 사용을 입증하였다 1, , 3. 2D 방법은 전하(등전초점, IEF) 및 분자량(황산나트륨 폴리아페이트 폴리아크릴아미드 겔 전기영동체 또는 SDS-PAGE)에 기초하여 단백질을 분리한다 4. 4 수년 동안, 각 겔 성분에 대해 수행된 2D-PAGE 및 후속 탠덤 질량 분석법의 조합은 가장 일반적인 비표적 단백질 발현 분석 기술이 수행되었고 수많은 이전에 알려지지 않은 단백질 발현 프로파일 5, , 6을 확인하였습니다. 2D-PAGE 접근법의 일반적인 단점은 시간이 많이 걸리고 소수성 단백질에 대해 잘 작동하지 않으며, 낮은 민감도 7, , 8로 인해 평가된 총 단백질 수에 한계가 있다는 것입니다.

세포 배양(SILAC) 방식에서 아미노산에 의한 안정한 동위원소 라벨링은 샘플 9에서 단백질 풍부도를 식별하고 정량화하는 다음 대중적인 접근법이 되었다. 표준 필수 아미노산이 결여된 배지에서 배양되고 그 특정 아미노산 10의 동위원소 표지 버전으로 보충되는 세포의 대사 라벨링으로 구성된다. 이 기술의 장점은 효율성과 정밀한 라벨링 9입니다. SILAC 접근법의 주요 제한은 주로 동위원소 라벨 혼입에 의한 세포 성장 속도 감소이며, 이는 인간 질병을 모델링하는 비교적 민감한 세포주에서 특히 어려울 수 있다(11).

2003년, 탠덤 질량 태그(TMT) 동위 원소 라벨을 포함하는 참신하고 강력한 프로테오믹스 기술이 필드 12에 도입되었다. TMT 라벨링은 상대단백질 발현 수준 및 번역 후 변형을 검출하는 민감도 증가(13)로 인해 강력한 방법이다. 이 발행일 현재, TMT 키트는 6, 10, 11 또는 16개의 샘플을 동시에 라벨로 지정할 수 있는 것으로 개발되었습니다. 그 결과, 생물학적 복제가 동시에 14, , 15, , 16을 가진 여러 조건에서 펩티드 풍부도를 측정할 수 있다. 우리는 최근에 바스 증후군 (BTHS) 17의 마우스 모델의 심장 프로테오믹 프로파일을 특성화하기 위해 TMT를 사용했습니다. 이렇게, 우리는 유전자 치료로 취급된 현저히 낮은 스프레드 BTHS 마우스의 심장 단면도에 있는 광범위한 개선을 설명하고 심근병증에서 관련시킨 새로운 치료 통로를 밝힌 BTHS에 의해 영향을 받은 새로운 단백질을 확인할 수 있었습니다.

여기서, 우리는 조직 샘플 또는 세포 펠릿을 사용하여 멀티플렉스 TMT 정량 단백질학 분석을 수행하는 상세한 방법을 기술한다. 표지된 트립틱 펩타이드가 원시 냉동 샘플보다 더 안정적이기 때문에 코어에 제출하기 전에 시료 준비 및 라벨링을 수행하는 것이 유리할 수 있으며, 모든 코어가 모든 샘플 유형을 처리한 경험이 있는 것은 아니며, 실험실에서 샘플을 준비하면 종종 긴 백로그가 있는 코어에 대한 시간을 절약할 수 있습니다. 이 현저히 낮은 스프레드 과정의 질량 분광 부분에 대한 자세한 설명은 Kirshenbaum 외 및 페루말 외 18 , 19을 참조하십시오.

시료 전처리 프로토콜은 추출, 정량화, 침전, 소화 및 라벨링과 같은 주요 단계로 구성됩니다. 이 최적화된 프로토콜의 주요 이점은 라벨링 비용을 절감하고, 단백질 추출을 개선하며, 고품질 데이터를 현저히 낮은 스프레드 일관되게 생성한다는 것입니다. 또한 TMT 데이터를 분석하여 짧은 시간 내에 수천 개의 단백질을 선별하는 방법을 설명합니다. 우리는이 프로토콜이 자신의 연구에이 강력한 방법론을 통합 고려하는 다른 연구 그룹을 장려 바랍니다.

Protocol

플로리다 대학의 기관 동물 관리 및 사용 위원회는 모든 동물 연구를 승인했습니다.

1. CHAPS 용해 완충제 (150 mM KCl, 50 mM HEPES pH = 7.4, 0.1% CHAPS 및 완충액 50 mL 당 1 프로테아제 억제제 칵테일 정제)를 준비합니다. 프로테아제 억제제가 없는 완충액은 최대 6개월 동안 4°C에서 보관하거나 프로테아제 억제제가 -20°C에서 최대 1년까지 보관하여 완충할 수 있다.
2. 100 mM 트리에틸라모늄 중탄산염 (TEAB) 준비: 초순수 4.5 mL에 1 M TEAB 의 500 μL을 추가하십시오.
3. 200 mM 트리스 (2-카박스체틸) 포스핀 염산염 (TCEP) 준비 : 70 μL의 0.5 M TCEP, 변성 시약, 초순수 70 μL을 추가합니다. 그런 다음 1 M TEAB의 35 μL을 추가합니다.
4. 5% 하이드록실라민 준비: 50% 하이드록실라민 50 μL을 100 mM TEAB의 450 μL에 추가하십시오.

1. IACUC 승인 프로토콜에 따라 안락사 마우스로부터 사두근 근육을 분리합니다. -80°C에서 동결 및 유지하거나 즉시 사용하기 위해 프로토콜을 계속 사용하십시오.
2. 신선하거나 냉동 된 사두근 마우스 조직의 약 10mg을 분리하기 위해 잘라냅니다. 골격 근으로 작업 할 때 핀셋을 사용하여 섬유를 분리하십시오. 대안적으로, 세포 배양물로 작업하는 경우, CHAPS 라시스 완충액의 300 μL에서 ~3 x 10 6 세포를 다시 중단하고 2.4단계로 건너뜁니다.
3. 약 2mL의 1 mm 지르코니아/실리카 비드 및 500 μL의 CHAPS 용해 완충제으로 채워진 2 mL 튜브를 사용하여 비드 파괴기를 사용하여 조직을 균질화합니다. 적절하게 확장 또는 축소(예를 들어, CHAPS 용해 완충제 250 μL에서 5 mg의 조직).
4. DNA에 결합된 단백질을 방출하기 위해 초음파 처리(진폭 50% 및 얼음 에 30초 간격으로 각각 10s의 경우 10배)를 수행합니다. 동일한 DNA 분해 결과는 1 mL 주사기에 부착된 21 G 바늘을 통해 용해10배를 통과시킴으로써 주사기 용해또는 30분 동안 37°C에서 벤조나아제 배양(44 U/mL)에 의해 달성될 수 있다.
5. 4°C에서 10분 동안 16,000 x g에서 용해시키고 상구체를 새로운 원심분리관으로 옮긴다.

1. 확립된 프로토콜을 사용하여 상수의 단백질 농도를 결정합니다(재료 표참조).
   참고: ≥2 μg/μL에서 샘플을 사용하는 것이 가장 좋지만 덜 농축된 샘플도 사용할 수 있습니다. 덜 농축된 시료를 사용하는 경우 5.1단계에서 환원/알킬라이팅 시약의 부피를 적절히 조정해야 합니다.
2. CHAPS 용해 버퍼를 사용하여 BSA 표준 곡선 희석을 준비합니다.
3. 제조업체의 지침을 따르고 15 분 후에 750 nm에서 흡광도를 읽으십시오.

4. 환원/알킬레이트 시약 처리

1. 조건당 200 μg의 단백질을 새로운 원심분리기 현저히 낮은 스프레드 튜브로 옮기고 CHAPS 용해 완충액을 사용하여 최종 부피 100 μL로 조정합니다. 단백질 농도가 너무 낮을 때 최대 200 μL까지 확장할 수 있지만 환원/알킬라이팅 시약의 부피를 적절하게 조정하는 것을 잊지 마십시오.
2. 200 mM TCEP의 5 μL을 추가하고 1 시간 동안 55 °C에서 샘플을 배양하십시오.
3. 사용 직전에, 100 mM TEAB의 132 μL로 요오도아세타미드(즉, 9 mg)의 튜브를 용해시킴으로써 375 mM 요오도아세타미드를 준비한다. 빛으로부터 이 솔루션을 보호하십시오.
4. 시료에 375 mM 요오도아세타미드 5 μL을 넣고 빛으로부터 보호된 실온(RT)에서 30분 동안 배양합니다.

5. 메탄올/클로로폼 현저히 낮은 스프레드 강수량 20

1. 단백질 100 μL과 간략하게 소용돌이 샘플에 400 μL의 메탄올을 추가합니다.
2. RT에서 10초 동안 9,000 x g의 원심분리기. 이것은 샘플 튜브의 측면에 증착 된 액체를 통합하는 것입니다.
3. 혼합물에 100 μL의 클로로포름을 넣고 잠시 소용돌이를 보입니다. 시료에 인지질 농도가 높은 경우 클로로폼 200 μL을 사용하십시오.
4. RT에서 10초 동안 9,000 x g의 원심분리기. 이것은 샘플 튜브의 측면에 증착 된 액체를 통합하는 것입니다.
5. 300 μL의 물과 소용돌이를 힘차게 넣습니다. 균일 한 용액을 얻는 것이 중요합니다.
6. RT에서 1 분 동안 9,000 x g의 원심 분리기는 튜브를 랙으로 옮길 때 레이어가 방해되지 않도록 매우 주의하십시오.
   참고 : 튜브는 이제 세 단계를 포함해야합니다 : 1) 상층 (즉, 상층), 물과 메탄올의 혼합물; 2) 중간 층 (즉, 상간), 백색 침전 단백질; 및 3) 바닥 층 (즉, 바닥 상), 클로로 포름.
7. 조심스럽게 장식품을 제거하십시오.
8. 남은 상 간 및 바닥 단계에 300 μL의 메탄올을 추가합니다. 적극적으로 소용돌이.
9. RT에서 2 분 동안 9,000 x g의 원심 분리기는 튜브를 랙으로 옮길 때 레이어가 방해되지 않도록 매우 주의하십시오.
10. 조심스럽게 장식품을 제거하십시오.
11. 펠릿이 약간 촉촉할 때까지 RT에서 공기 흐름(예: 진공 농축기 사용)에서 가능한 한 많은 액체를 부드럽게 흡인합니다(~10분). 각 샘플마다 필요한 시간이 다를 수 있기 때문에 2분마다 확인하여 평가합니다. 펠릿을 추가 처리될 때까지 -80°C에서 보관하십시오.

1. TEAB 라시스 완충제 의 100 μL에서 침전된 단백질 펠릿을 다시 중단시.
   참고: 이 단계에서 단백질 농도를 측정하는 것은 선택 사항입니다.
2. 사용 직전에 트립신 저장 용액(50 mM 아세트산)의 100 μL을 100 μg 트립신 유리 바이알 바닥에 첨가하여 1 μg/μL 트립신을 준비하고 RT. 저장소에 남은 시약을 -80°C에서 일회용 용량으로 5분 동안 배양합니다.
3. 단백질 100 μg당 트립신 2.5 μL을 첨가하십시오. 샘플을 37°C에서 밤새 소화합니다. 이 단계는 단백질의 완전한 용해화를 위해 중요합니다. 이러한 조건을 수정하지 마십시오. 소화 에 이어, 표준 단백질 측정을 사용하여 단백질 농도를 측정하는 것은 선택 사항입니다.

1. 사용 직전에 TMT 라벨 키트 시약을 RT와 평형화하십시오.
2. 각 튜브에 무수 아세토니트릴 41 μL을 첨가하여 0.8 mg TMT 태그 바이알을 각각 용해시다. 가끔 소용돌이와 RT에서 5 분 동안 시약을 배양. 튜브를 잠시 원심 분리합니다.
   참고: TMT 태그0.8 mg의 농도는 일반적으로 두 세트에 라벨을 붙이기에 충분합니다. 그러나 다른 연구자들은 이 농도가 더 감소될 수 있고 여전히 신뢰할 수 있는 데이터 15를 산출할 수 있음을 입증했다.
3. 각 100 μL 샘플에 TMT 라벨 시약 의 41 μL을 조심스럽게 추가하십시오.
4. RT에서 1 시간 동안 반응을 배양하십시오.
5. 시료에 5% 하이드록실라민 8 μL을 넣고 15분 동안 배양하여 반응을 담급질합니다.
6. 샘플을 새로운 원심분리기 튜브에서 동일한 양으로 분할하고 -80°C에서 보관합니다.
   참고 : 이 단계에서 샘플은 안정적이며 질량 분광법을 위해 제출 할 수 있습니다. 표준 단백질 측정을 사용하여 이 시점에서 농도를 측정하는 것은 선택 사항입니다.

1. 샘플을 프로테오믹스 시설(이 연구는 UF ICBR Proteomics Core 시설을 사용함)에 제출하여 모든 샘플을 C18 스핀 컬럼을 사용하여 결합하고 정제합니다.
   참고: 샘플을 준비하기 전에 샘플을 제출하는 방법을 핵심 시설과 상의하여 제출에 선호하는 정확한 단계를 확인합니다.
2. 결합된 멀티플렉스 샘플당 다음과 같은 절차를 요청하십시오: 고체 상 추출, HPLC (SCX, SE), 지퍼 팁 및 LC-MS/MS(단백질 ID의 경우 2시간 구배, 경우 >10QE Plus).
3. 데이터가 수집되면 핵심 시설은 단백질 식별을 위해 공급업체에서 제공한 소프트웨어를 사용하여 RAW 파일을 처리합니다.

1. 데이터는 일반적으로 코어에서 사용자에게 7z 형식으로 다시 전달되며, 각 데이터 집합당 약 16GB의 디스크 공간이 필요할 수 있습니다(이 경우 11개의 샘플). 데이터 처리의 경우 3.4GHz 이상의 컴퓨터를 사용할 수 있는지 확인합니다.
2. 7-Zip 파일 관리자를 사용하여 파일을 추출합니다. 이러한 추출 된 파일은 RAW 데이터, pdStudy 형식 파일 및 pdResultView 형식 파일이 포함되어 있습니다. 추가 분석을 위해 모든 파일을 저장합니다.
3. 프로테오메 디스커버리 2.2 소프트웨어를 사용하여 파일을 엽니다.
   참고: 파일 형식은 "파일 name.pdStudy"입니다. "파일 name.pdResultView"를 열면 제어 샘플을 선택할 수 없습니다.
4. "샘플" 패널에서 제어 샘플을선택합니다.
5. "분석결과"패널에서 ID를 선택하여 결과를 엽니다.
6. 스프레드시트 소프트웨어로 내보냅니다.
7. 원시 데이터(확인된 모든 단백질)를 저장합니다.
8. 스프레드시트 소프트웨어 파일을 엽니다. 이것은 확인된 모든 단백질을 포함할 것입니다.
9. 스프레드시트 소프트웨어 파일에서"필터"기능을 사용하여"단백질 FDR 신뢰도:고(열B)에서 " 결합" "#Unique펩타이드" 2(열 K)이상, 그리고"풍부도 비율"중 하나를 단독으로(열 S최대W).
10. 함수와 함께"p-값"계산에 대한 열 삽입
    =TTEST(대조군, 실험군, 꼬리, 유형)
11. 함수와 함께"통계적 유의성"열을 삽입합니다.
    =IF(p-value
12. "필터"기능을 사용하여"통계적 유의성"표시"의유"를 표시합니다. 결과는 대조군 및 실험군에서 통계적 유의를 갖는 분석된 단백질을 나타낸다.
13. 대조군과 비교하여 실험군에서 단백질 발현량이 현저히 높거나 낮게 결정하며,"Regulation"에 대한 컬럼을 삽입한다.
    =IF(평균(대조군)>평균(실험군),"업규제","하향규제")

10. 중요한 안타를 평가하는 방법

1. TMT 연구에서 확인된 중요한 적중항 간의 단백질-단백질 상호 작용을 확인하려면 검색 도구를 사용하여 상호 작용 유전자/단백질(STRING) 버전 11.0 21 : https://string-db.org/
2. 그룹으로 분류하려면 (즉, 분자 기능, 생물학적 과정 및 단백질 클래스) 진화 적 관계 (PANTHER)를 통해 단백질 분석을 사용하여 22 : http://www.pantherdb.org/
3. 다양한 경로에서 단백질 상호 작용을 식별하려면 경로 분석 소프트웨어 23을 사용합니다.

11. 저장소 은행에 프로테오믹 데이터 업로드

1. Proteomics IDEntificantions 데이터베이스 (PRIDE) 또는 질량 분광인터랙티브 가상 환경 (MassIVE)에 프로테오믹스 데이터를 제출하려면 다음과 같은 정보가 포함됩니다 : 피크 목록 파일 (mzXML과 같은 표준 형식으로 처리 된 질량 스펙트럼 파일, mzML 또는 MGF), 결과 파일(mzIdentML 또는 mzTab과 같은 표준 형식의 스펙트럼 현저히 낮은 스프레드 식별), 원시 스펙트럼 파일(예: 비표준 또는 계측기 별 형식의 원시 질량 스펙트럼 파일) RAW 파일 또는 . WIFF 파일)을 참조하십시오.
2. 제출하려면 계정을 만들고 소속 및 프로젝트 세부 정보와 같은 정보를 포함합니다. 그런 다음 11.1단계에 나열된 파일을 선택하고 업로드합니다.
3. 공식 데이터 집합을 만들려면 업로드된 파일에 대한 제출 워크플로를 실행합니다.
   참고: 제출 후 데이터 집합은 리포지토리 뱅크에서 비공개로 설정됩니다. 개인 옵션을 사용하면 권한이 있는 사용자만 데이터를 사용할 수 있습니다. 두 가지 추가 옵션이 있습니다: 1) 저널 검토자 및 공동 작업자에 대 한 액세스를 제공 하는 공유 데이터 집합; 또는 2) 공개 데이터 집합에 표시됩니다. 이러한 리포지토리의 또 다른 중요한 기능은 업로드된 데이터를 업데이트하고 후속 게시를 기존 데이터 집합과 연결하는 기능입니다.

Representative Results

건강하고 병에 걸린 세포는 CHAPS 버퍼에서 용해되었고, TMT 라벨링 방법에 자세히 설명되어 있으며, 플로리다 대학 생명 공학 연구 센터 (UF-ICBR) 프로테오믹스 코어와 탠덤 질량 분석법을 사용하여 액체 크로마토그래피에 제출했습니다. 코어로부터의 데이터 수집 및 전달에 이어, 데이터 세트는 공급업체가 제공한 소프트웨어에서 열렸고, 다음과 같은 컷오프 필터가 적용되었다: ≥2 고유 펩티드, 모든 채널에 존재하는 각 단백질 샘플에 대한 리포터 이온, 그리고 현저하게 변경된 단백질만을 포함한다(p ≤ 0.05). 표 1은 데이터를 요약합니다: 총 펩티드 39,653개, 그 중 7,211개는 2개의 고유 펩티드보다 동일하거나 더 큰, 3,829는 모든 채널에 대한 리포터 이온을 포함한다. 이들 3,829개의 펩티드에 대한 p 값은 학생의 t 시험에 의해 계산되었고 p ≤ 0.05는 유의한 것으로 간주되었다. 또한, 배-변화 차단은 건강한 세포에 비해 병에 걸린 단백질의 상대적 분포를 결정하기 위해 사용되었다: 하향조절(blue) 또는 업레테(red)(도 1).

현저하게 dysregulated 단백질 발현의 목록은 PANTHER 온톨로지 분류 시스템 및 STRING 분석을 사용하여 평가되었다. Panther 분석은 분자 기능에 근거를 둔 병에 걸린 세포에 있는 현저하게 더 낮은(그림 2A)또는 더 높은 풍부에 근거를 둔 단백질의 분류된 목록을 보여주었습니다(그림 2B). 현저히 낮은 단백질의 현성 분석(도 2C)이상(도 2D)풍부도는 단백질 사이의 다중 상호 작용 및 강한 연관성을 확인하였다.

그림 1: 풍부도가 크게 변경되지 않은 단백질을 표시하는 화산 플롯(검은색), 현저히 낮아진(파란색), 또는 건강한 대조군 세포에서 현저히 증가(빨간색) 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.

그림 2: 현저히 낮거나 더 높은 풍부 단백질의 PANTHER(A, B) 및 스트링(C, D)에 의해 확인된 현저하게 dysregulated 적중된 적중의 대표적인 평가. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.

총 펩타이드	식별된 총	≥ 2 독특한 펩티드	정량화된 단백질	현저하게 변경된 단백질
낮은	높은
39653	7211	4457	3829	296	108

표 1: 데이터 집합 분석당 정량화된 단백질의 대표적인 표.

Discussion

TMT 기반 동위원소 안정 동위원소 라벨링 방법을 사용하여 프로테오믹 분석을 위한 샘플을 성공적으로 제조하려면 4°C에서 단백질 추출을 매우 신중하게 수행하고 프로테아제 억제제 칵테일(24, , 25)을 포함하는 용해 완충제(lysis buffer)를 사용하는 것이 중요하다. 프로테아제 억제제 칵테일은 단백질 소화 중에 예기치 않은 단백질 분해를 피하기 위한 중요한 시약입니다. 우리의 프로토콜과 공급 업체에 의해 제공 된 현재 의정서 사이의 한 가지 주요 차이점은 우리가 강력 하 게 포유류 세포와 조직에 우리의 경험을 기반으로 CHAPS 용해 버퍼의 사용을 권장. 우리는 또한 세포 펠 릿 및 조직 모두에 대 한 메탄올/클로로포름 단백질 침전 접근을 사용 하 여 제안.

이상적으로는 단백질 추출, 측정, 환원/알킬라이팅 시약 처리 및 메탄올/클로로폼 침전이 모두 같은 날에 수행됩니다. 이 권고에 따라 후속 라벨링에 대 한 더 정확한 단백질 농도 귀 착될 것 이다. 단백질 침전 단계는 탠덤 질량 분광법을 방해하는 시약의 제거에 중요합니다. 강수 단계를 포함하면 TMT 26의 분해능이 크게 향상됩니다. 요약하자면, TMT 프로토콜의 주요 장점은 다양한 유형의 샘플에 대한 높은 라벨링 효율성, 재현성 및 수집된 신뢰할 수 있는 데이터입니다.

이 TMT 비표적 프로테오믹스 전략의 멀티플렉스 특성이 계속 확장됨에 따라 다양한 분야에서 연구자의 능력을 점진적으로 향상시켜 새로운 발견을 할 것입니다. 특히 생물 의학 분야에서, 우리와 다른 사람들은 질병과 다양한 치료법의 상대적 영향에 대한 새로운 작용 메커니즘을 탐구하는 연구에서이 기술이 점점 더 유익하다고 발견했습니다. 이러한 모든 이유로, 이 강력한 기술은 현대 연구 연구에 사용되는 다른 OMICS 접근법의 레퍼토리를 보완하고 추가 치료 개발을 안내 할 수있는 주요 정보를 제공합니다.

Disclosures

Acknowledgments

우리는 우리의 견본의 그들의 처리를 위한 UF-ICBR proteomics 시설을 인정하고 싶습니다. 이 작품은 건강 R01 HL136759-01A1 (CAP)의 국립 연구소에 의해 부분적으로 지원되었다.

현저히 낮은 스프레드

▶ 사료첨가제 사업을 영위하는 CJ제일제당, 이지바이오 수혜 두드러질 것
▶ 음식료 업종 영향 점검 : 사료 업체 판가 전가 용이, 사료첨가제 업체 수혜
▶ 음식료 업종 영향 점검 : 가공식품업체 단기수익성 악화, 가격인상 모멘텀 부각

NH투자증권 조미진 애널리스트(음식료/화장품 담당)

▶ 곡물가 연속 상승세

주요 곡물 가격이 지난해 하반기 이후 상승세를 보이고 있다. 이는 가뭄 등 주요 수출국의 이상 기후, 중국 수요 상승 등에 에 따른 현상이다. 반대로 환율은 전년 대비 우호적 흐름(원화강세)을 보이며 곡물 가격 상승분을 상쇄시키고 있어 전체 원재료 가격 상승이 국내 제품 가격에는 반영되고 있지 않다. .

그러나 남미 가뭄 장기화에 따른 공급이 우려되고 있으며, 아르헨티나의 일시적 수출 중단 등 국제 곡물 가격 상승세를 지지하는 요인들이 계속해서 발생하고 있다. 현재는 환율 하락이 상쇄 작용을 하고 있지만 실제 구매 대금은 실제 구매 시점보다 3~6개월 후에 발생하는 구조이므로 환율 상황에 따른 변동성도 존재한다.

2020년 연말 기준 소맥, 대두, 옥수수, 원당은 각각 지난 6월초 대비 24%, 57%, 50%, 41% 상승했다. 소맥 가격 상승 이유는 주요 공급 국가들의 건조한 날씨 영향이 가장 크다. 대두 가격 상승은 미국과 중국의 무역 재개, 중국 돼지 사육 두수 증가, 브라질 건조 기후에 기인. 옥수수 가격 상승은 재배 지역이 동일한 대두 가격 상승, 유가 반등에 따른 바이오 에탄올 수요 상승 등으로 판단된다. 원당 가격 상승은 남미의 날씨 영향에 따른 결과다.

▶ 음식료 업종 영향 점검 ①: 가공식품 업체 단기 수익성 악화, 그러나 가격 인상 모멘텀 부각

곡물 가격 상승세가 3개월 이상 장기화되거나 환율 흐름이 바뀔 경우, 2021년 2분기 이후 원가 부담은 전반적으로 확대될 것으로 예상된다. 음식료 업체들에 미치는 영향은 단기 수익성 악화와 장기 가격 인상 모멘텀 부각으로 구분할 수 있다.

▶ 음식료 업종 영향 점검 ②: 사료 업체 판가 전가 용이, 사료첨가제 업체 수혜

곡물가 상승에 따른 가격 인상은 사료 업계에서 가장 빠르게 나타날 수 있다고 판단한다. 사료 판매는 생물체의 생존과 직결된다. B2B(기업간거래)이기 때문에 가공식품 대비 상대적으로 가격 인상(또는 할인율 조정)이 용이하다. 관련 업체는 선진, 팜스코, 팜스토리 등이다.

특히, 사료첨가제 업체들의 수혜가 가장 클 전망이다. 사료첨가제는 대체제인 사료와 마찬가지로 1) 판가 상승, 2) 일반 배합사료 대비 낮은 원재료 부담, 3) 글로벌 수요 상승 영향에 따라 탑라인뿐 아니라, 마진 스프레드 개선세가 두드러질 전망이다.

▶ 사료첨가제 사업을 영위하는 CJ제일제당, 이지바이오 수혜 두드러질 것

CJ제일제당: 바이오 부문 수익성 확대 두드러질 전망. 1) 주요 아미노산 스팟 가격 상승, 2) 중국 돼지 사육 두수 상승 등 글로벌 수요 증가, 3) 원재료 가격 경쟁력에 기반함. 라이신, 트립토판 등 주요 사료용 아미노산 스팟가격이 2020년 연초 대비 40% 이상 상승했다. 특히, CJ제일제당은 옥수수, 현저히 낮은 스프레드 원당, 전분당을 호환해서 생산하고 있고 선제적인 수율 개선 진행을 통해 곡물가 상승에 따른 마진 스프레드 개선세가 두드러질 전망이다.

이지바이오: 사료첨가제와 자돈 사료 사업을 영위 중이다. 특히, 사료첨가제는 사료 가격 상승에 따른 수요 상승과 가격 경쟁력 확대 수혜가 나타날 전망이다. 이지바이오의 사료첨가제는 특수 현저히 낮은 스프레드 기능성 사료로 원재료에서 옥수수나 대두와 같은 곡물 비중이 현저히 낮아 원가 상승 부담도 거의 없다고 판단된다.

현저히 낮은 스프레드

주식투자 투자전략팀 2016.03.04

글로벌 주식시장이 연초 하락의 충격에서 벗어나 반등세를 이어가고 있다. 글로벌 주식시장은 MSCI 주가지수 기준으로 지난해 연말 대비 약 10% 하락했다가 반등하면서 연말 수준에 다가가고 있다. 이 과정에서 특징적인 현상은 신흥국 주식시장이 더 이상 선진국 주식시장에 비해 뒤처지고 있지 않다는 것이다. [그림1]에서 보듯이 2013년부터 지난해 연말까지 선진국 시장이 오를 때 신흥국 시장은 횡보하거나 하락했다. 그러나 올 들어 주가가 하락할 때 하락률은 두 시장 모두 10% 정도였고, 올해 저점 대비 현재까지 반등률도 약 8%로 비슷하다.

우리는 앞으로 신흥국 시장이 선진국 시장보다 더 상승할 것으로 예상한다. 선진국 시장은 기업가치평가 부담과 통화정책의 한계에 직면해 상승이 제한될 수 밖에 없겠지만, 신흥국 시장은 저가 매력을 갖고 있기 때문이다.

미국의 경우 기업이익이 정체된 채 주가가 상승함에 따라 가치평가 부담이 커질 수 밖에 없다. 예상 실적을 기준으로 한 주가수익비율(P/E)은 현재 16.6배로 지난해 고점 17.9배에 근접하고 있고, 그동안 상승을 주도해온 필수소비재와 헬스케어 부문의 가치평가도 지난해 고점 부근이다. 유럽과 일본은 미국과 달리 통화완화 정책을 지속할 수 있다는 장점이 부각돼 지난해 주가 상승폭이 컸지만, 마이너스 금리 정책이 올해 들어 은행들의 주가를 폭락하게 하는 부작용을 낳았기 때문에 금융완화 정책을 지속하기가 쉽지 않은 상황이다.

반면 신흥국 시장은 지난 3년간 주가가 하락해 가치평가 부담에서 자유롭다. P/E는 11.8배, 주가순자산비율(P/B)은 1.3배로 과거 20년 평균보다 낮다. 이렇게 가치평가 수준이 낮음에도 불구하고 그동안 신흥국 시장이 하락한 것은 주가를 상승시킬 모멘텀이 전혀 없었던 데다 경제여건이 신흥국 시장에 일방적으로 불리하게 작용했기 때문이다. 그러나 최근 유가가 긴 하락을 벗어나 바닥을 다지기 시작하면서 신흥국 시장에 숨통이 트이고 있다.

원유 생산능력이 수요를 앞지르고 있어서 유가 하락이 이어질 것이라는 의견도 있다. 그러나 원유와 같은 과점적 시장의 균형은 생산능력과 수요가 일치해야 달성되는 것이 아니라 생산자들 사이의 담합에 의해 만들어진다. 그리고 생산자들 사이에 담합이 가능하려면 상대방이 가격에 따라 어떻게 반응하는지 알아야 한다.

[그림1] 선진국 및 신흥국 주가지수

[그림2] 커머더티 지수와 미국의 하이일드 스프레드

유가가 30달러 대로 하락하면서 미국의 셰일업체들이 신규 투자를 크게 축소했고 주식시장도 큰 폭으로 하락했으며, 세계 1~2위 원유생산 국가인 사우디아라비아와 러시아가 30 달러 대에서 생산량을 조절하는 합의를 시작했다는 점이 과점적 균형이 만들어지는 데 긍정적 신호라고 할 수 있다.

유가가 100달러 아래로 하락하기 시작한 2014년 7월부터 신흥국 주가도 횡보에서 벗어나 하락세로 접어들었다. 우리는 국제적인 원유 생산량 조절을 통해 유가의 반등이 상당 기간 이어질 것으로 예상하며, 유가의 반등과 함께 신흥국 주가의 반등세도 이어질 것으로 본다. 유가 하락은 신용등급이 낮은 기업들이 발행한 하이일드 채권의 스프레드도 대폭 확대시켰다. 그러나 최근 하이일드 스프레드는 유가 반등에 대한 기대감으로 887bp에서 731bp로 축소됐다.

신흥국 시장이 빠르게 반등할지, 아니면 등락을 거듭하면서 반등할지 여부는 중국의 외환보유액과 미국의 금리인상 가능성에 현저히 낮은 스프레드 의해 결정될 것으로 예상한다.

중국을 제외하면 신흥국들의 외환보유액은 안정적이어서 외환위기의 가능성은 낮다. 다만 중국의 외환보유액이 월평균 1000억 달러씩 감소하면서 신흥국 시장에 대한 불안감을 키웠는데, 최근 중국 정부가 시행하고 있는 내국인에 대한 자본유출 억제 정책이 효과를 발휘한다면 신흥국 시장에 대한 불안은 현저히 낮아질 것이다. 중국의 2월 외환보유액은 다음주 초에 발표될 예정이다.

미국의 다음 금리인상이 언제 있을 것인가도 중요하다. 연초 주가가 크게 하락하면서 시장에서 평가하는 3월 금리인상 가능성은 50%에서 10% 이하로 하락했다. 미국의 금리인상이 늦춰질 것이라는 기대가 유가를 반등시켰을 뿐만 아니라 신흥국 시장에서 자금이탈도 진정시키고 있다. 현재 6월 금리인상 확률도 30%에 불과해 시장에서는 상반기에 금리인상이 없다는데 무게를 두고 있다. 오늘 발표될 미국의 고용지표가 상반기 금리인상 확률을 얼마나 움직일지 지켜보아야겠지만, 현재와 같은 상황이 이어진다면 신흥국 주가의 반등이 계속 이어질 수 있을 것으로 예상한다.

[그림3] 신흥국의 외환보유액

[그림4] 미국 연준의 금리인상 확률

사진=연합뉴스

[뉴스투데이=장원수 기자] 하나금융투자는 13일 은행업종에 대해 올해 1분기는 초과상승 구간이며, 지난해 4분기 실적도 나름 선방했다고 전했다.

최정욱 하나금융투자 연구원은 “은행주는 지난해 4분기 중 약 5.4% 하락해 KOSPI 대비 약세를 시현했다”며 “그 배경은 카카오뱅크가 13.7% 하락, 배당락 여파 작용, 수신금리 현실화 요청 등의 규제리스크, 오미크론 확산에 따른 글로벌 장기 금리 하락 등 때문”이라고 밝혔다.

최정욱 연구원은 “다만 오미크론 중증화율이 낮다는 분석 및 12월 미국 FOMC 의사록 공개 이후 글로벌 금리가 급등하며 1월 들어 은행주 상승 폭이 확대 중”이라며 “4분기에는 예보 지분 매각 이벤트로 우리금융 주가가 가장 큰 폭으로 상승했다”고 지적했다.

최 연구원은 “지난해 4분기 은행 추정 순익은 약 2조8000억원으로 컨센서스 수준을 예상한다”며 “4분기 대출성장률은 약 1.6%, 은행 순이자마진(NIM)은 3분기 대비 평균 5bp 상승할 것으로 추정된다”고 언급했다.

그는 “판관비 증가에도 불구하고 NIM 개선 폭이 크고, 추가 충당금 적립 규모 또한 크지 않기 때문”이라며 “우리금융과 하나금융, 기업은행은 4분기 실적이 컨센서스를 상당 폭 상회할 전망”이라고 내다봤다.

이어 “KB금융과 신한지주, 지방은행들은 컨센서스를 하회할 것으로 예상된다”고 덧붙였다.

그는 “NIM 상승 폭이 예상을 상회하고 글로벌 금리 인상 속도도 빨라질 것으로 보여 올해 연간 NIM 상승 폭은 기존 전망치인 8~9bp를 상회할 가능성이 높다”라고 강조했다.

그는 “은행 배당수익률과 국고채 금리와의 스프레드 차이는 2013년까지는 음(-)의 수치, 2018년까지는 1~2%p대를 유지하다가 2019~2020년은 3.7%p를 기록했다”며 “2021년부터 4%p대로 확대할 것으로 전망된다”고 말했다.

그는 “스프레드 확대는 채권 투자보다 은행주 투자매력이 높아지고 있다는 것을 의미한다”며 “물론 자본손익까지 고려한 총수익률 관점에서 비교해야 하지만 현 은행 평균 주가순자산비율(PBR)이 0.41배의 현저히 낮은 저평가 상태라는 점을 고려시 이는 분명 은행주 배당투자 매력을 높일 수 있는 요인”이라고 진단했다.

그는 “NIM 상승 폭이 크고, 우려와 달리 4분기 실적도 나름 선방하며 금리 모멘텀까지 부각되고 있어 은행주를 둘러싼 대내외 여건은 상당히 우호적인 상태”라며 “외국인 순매수 확대 등 수급 상황도 양호해 적어도 1분기는 은행주 초과상승 구간이 될 것으로 판단된다”고 전망했다.

그는 “1분기 최선호 종목으로 하나금융과 우리금융을 제시했다”라며 “상기 두 은행은 낮은 multiple과 높은 배당수익률, 여기에 NIM 개선 폭이 큰데다 4분기 실적도 컨센서스를 상당 폭 상회할 것으로 추정된다”고 분석했다.